一个数据库可以使用不同的方式进行初始化，这取决于你的技术栈。或者你可以手动完成该任务，只要数据库是单独的过程。
JPA有个生成DDL的特性，并且可以设置为在数据库启动时运行，这可以通过两个外部属性进行控制：
spring.jpa.generate-ddl（boolean）控制该特性的关闭和开启，跟实现者没关系。spring.jpa.hibernate.ddl-auto（enum）是一个Hibernate特性，用于更细力度的控制该行为，更多详情参考以下内容。你可以显式设置spring.jpa.hibernate.ddl-auto，标准的Hibernate属性值有none，validate，update，create，create-drop。Spring Boot根据你的数据库是否为内嵌数据库来选择相应的默认值，如果是内嵌型的则默认值为create-drop，否则为none。通过查看Connection类型可以检查是否为内嵌型数据库，hsqldb，h2和derby是内嵌的，其他都不是。当从内存数据库迁移到一个真正的数据库时，你需要当心，在新的平台中不能对数据库表和数据是否存在进行臆断，你也需要显式设置ddl-auto，或使用其他机制初始化数据库。
此外，启动时处于classpath根目录下的import.sql文件会被执行。这在demos或测试时很有用，但在生产环境中你可能不期望这样。这是Hibernate的特性，和Spring没有一点关系。
Spring JDBC有一个初始化DataSource特性，Spring Boot默认启用该特性，并从标准的位置schema.sql和data.sql（位于classpath根目录）加载SQL。此外，Spring Boot将加载schema-${platform}.sql和data-${platform}.sql文件（如果存在），在这里platform是spring.datasource.platform的值，比如，你可以将它设置为数据库的供应商名称（hsqldb, h2, oracle, mysql, postgresql等）。Spring Boot默认启用Spring JDBC初始化快速失败特性，所以如果脚本导致异常产生，那应用程序将启动失败。脚本的位置可以通过设置spring.datasource.schema和spring.datasource.data来改变，如果设置spring.datasource.initialize=false则哪个位置都不会被处理。
你可以设置spring.datasource.continue-on-error=true禁用快速失败特性。一旦应用程序成熟并被部署了很多次，那该设置就很有用，因为脚本可以充当"可怜人的迁移"-例如，插入失败时意味着数据已经存在，也就没必要阻止应用继续运行。
如果你想要在一个JPA应用中使用schema.sql，那如果Hibernate试图创建相同的表，ddl-auto=create-drop将导致错误产生。为了避免那些错误，可以将ddl-auto设置为“”（推荐）或none。不管是否使用ddl-auto=create-drop，你总可以使用data.sql初始化新数据。
如果你正在使用Spring Batch，那么它会为大多数的流行数据库平台预装SQL初始化脚本。Spring Boot会检测你的数据库类型，并默认执行那些脚本，在这种情况下将关闭快速失败特性（错误被记录但不会阻止应用启动）。这是因为那些脚本是可信任的，通常不会包含bugs，所以错误会被忽略掉，并且对错误的忽略可以让脚本具有幂等性。你可以使用spring.batch.initializer.enabled=false显式关闭初始化功能。
Spring Boot支持两种高级数据迁移工具Flyway(基于SQL)和Liquibase(XML)。
想要在启动时自动运行Flyway数据库迁移，需要将org.flywaydb:flyway-core添加到你的classpath下。
迁移是一些V<VERSION>__<NAME>.sql格式的脚本（<VERSION>是一个下划线分割的版本号，比如'1'或'2_1'）。默认情况下，它们存放在classpath:db/migration文件夹中，但你可以使用flyway.locations（一个列表）改变它。详情可参考flyway-core中的Flyway类，查看一些可用的配置，比如schemas。Spring Boot在FlywayProperties中提供了一个小的属性集，可用于禁止迁移，或关闭位置检测。Spring Boot将调用Flyway.migrate()执行数据库迁移，如果想要更多控制可提供一个实现FlywayMigrationStrategy的@Bean。
默认情况下，Flyway将自动注入（@Primary）DataSource到你的上下文，并用它进行数据迁移。如果想使用不同的DataSource，你可以创建一个，并将它标记为@FlywayDataSource的@Bean-如果你这样做了，且想要两个数据源，记得创建另一个并将它标记为@Primary，或者你可以通过在外部配置文件中设置flyway.[url,user,password]来使用Flyway的原生DataSource。
这是一个Flyway示例，你可以作为参考。
想要在启动时自动运行Liquibase数据库迁移，你需要将org.liquibase:liquibase-core添加到classpath下。
你可以使用liquibase.change-log设置master变化日志位置，默认从db/changelog/db.changelog-master.yaml读取。除了YAML，Liquibase还支持JSON, XML和SQL改变日志格式。查看LiquibaseProperties获取可用配置，比如上下文，默认schema等。
这里有个Liquibase示例可作为参考。